În tinereţea sa, Sfântul Onisim a fost sclav al Sfântului Filimon, un creştin de viţă aleasă care locuia în oraşul Colose din Frigia.Filimon a crezut în Hristos şi s-a învrednicit mai pe urmă de treapta episcopiei, apoi s-a numărat şi în ceata celor 70 sfinţi apostoli.
Temându-se de pedeapsa pentru o ofensă adusa stăpânului său, Onisim fuge la Roma, dar aici este întemniţat fiind un sclav fugit. În închisoare el vine în contact cu Sfântul Apostol Pavel şi este iluminat de acesta, apoi botezat. Sfântul Pavel îl informează personal pe Filimon scriindu-i o scrisoare plină de dragoste în care îi cere să îl ierte pe sclavul rătăcitor şi să îl accepte ca pe un frate. El îl trimite chiar pe Onisim cu aceasta scrisoare.
După ce Sfântul Filimon primeşte scrisoarea, nu numai că îl iartă pe Onisim, ci chiar îl trimite înapoi la Roma la Apostolul Pavel.
"Rogu-mă ţie, pentru fiul meu Onisim, pe care l-am născut fiind eu legat şi care odată era ţie netrebnic, iar acum ne este şi mie şi ţie de folos; pe el l-am trimis la tine, iar tu să-l primeşti ca pe inima mea". Ulterior, Filimon este hirotonit episcop în oraşul Gaza.

Filimon a făcut aceasta cu bucurie, căci nu numai că l-a primit cu dragoste pe Onisim, ci i-a dăruit libertate şi l-a trimis iarăşi la Roma, la Sfîntul Apostol Pavel, ca să-i slujească acolo, pentru că-l dorea apostolul Pavel, precum scrie în scrisoarea aceea: "Am voit ca să-l ţin la mine pe Onisim să-mi slujească mie în locul tău, fiind în legăturile bunei vestiri, dar fără a ta voie nimic n-am voit să fac, ca astfel nu de nevoie să fie binele tău, ci de voie".

După moartea Sfântului Apostol Pavel, Sfântul Onisim îi slujeşte pe apostoli până la moartea acestora, apoi este hirotonit episcop. După moartea sfinţilor apostoli, el propovăduieşte Evanghelia în regiuni din Spania, Carpetania, Colose şi Patras. La bătrâneţe, Onisim ocupă scaunul episcopal din Efes, urmându-i Sfântului Apostol Timotei. Când Sfântul Ignatie Purtătorul-de-Dumnezeu este luat să fie dus la Roma pentru execuţie, episcopul Onisim împreună cu un grup de creştini vine să se întâlnească cu el, aşa cum Sfântul Ignatie menţionează în Epistola către Efeseni scrisă de el însuşi.

În anul 109, Sfântul Onisim este arestat şi adus la judecată în faţa Eparhului Tertillus, în timpul domniei Împăratului Traian. El îl ţine în temniţă pe Sfântul Onisim timp de 18 zile şi apoi îl trimite în închisoarea din Puteoli. După o vreme, eparhul trimite după Sfântul Onisim şi, pentru că acesta nu apostazia de la credinţa în Hristos, îl lapidează şi apoi îi taie capul. Iar oarecare femeie de neam împărătesc, fiind creştină, l-a luat şi a pus sfîntul său trup în raclă de argint şi săvîrşea pomenirea mucenicului, cîştigîndu-şi ei, prin rugăciunile lui, pomenire de la Domnul, întru cereasca Împărăţie. Pe aceasta, şi nouă să ne fie a o cîştiga întru Iisus Hristos, Domnul nostru, Căruia se cuvine slavă în veci. Amin.

Apostole Sfinte, Onisim, roagă-L pe milostivul Dumnezeu să dăruiască iertare de greşeli sufletelor noastre. Ca o rază ai ieşit luminând lumii, fericite, luminat fiind cu razele lui Pavel, soarele cel prea strălucitor, care a luminat lumea. Pentru aceasta, toţi te cinstim, Onisime.